دادگاه ویژه روحانیت، قانون مشخصی مصوب مجلس ندارد که جزییات سازوکارهای این دادگاه را بررسی و تعیین کرده باشد. روال دادرسی و احکام صادره در این دادگاه، از چند سال پیش تاکنون، مورد نقد و تحلیل بسیاری از فعالان و کارشناسان قرار می‌گیرد.
نتقاد کلی به این دادگاه آن است که آنطور که در محاکمه روحانیون مستقل و انقلابی در اتهامات سیاسی و رسانه‌ای، شدت و حدّت بخرج می‌دهد، در محاکمه روحانیون صاحب قدرت و ذی‌نفوذ جناح‌های سیاسی، چنین سرسختی ندارد.
بلکه در مقابل شکایات رسمی مجلس از شخصی مثل حسن روحانی (۳ بار در سال ۹۹)، متانت و سکوتی تعجب‌برانگیز بخرج می‌دهد! چنانچه با همکاران به جمع‌بندی برسیم، طرح تحقیق و تفحص از سازوکارهای دادگاه ویژه روحانیت را کلید خواهیم زد.
